南开大学是周恩来的母校，培养了于方舟等马克思主义革命者，早在全国解放前夕，南开大学就已经开设了“新民主主义论”、“唯物辩证法”、“社会发展史”等政治理论课程，有着深厚的马克思主义教学和研究底蕴。新中国成立后，南开大学先后成立“新民主主义论教研组”、“马列主义基础理论教研室”、“科学社会主义研究室”、“思想品德教研室”、“马克思列宁主义基础理论教学部”等机构，对大学生进行系统正规的马克思主义理论教育。1997年9月，南开大学正式成立马克思主义教育学院，是全国较早设立马克思主义学院的高校之一。2016年4月，马克思主义教育学院更名为马克思主义学院。 

2000年，学院招收思想政治教育专业本科生。2003年，获得思想政治教育与马克思主义理论博士学位授予权。2005年，获得中共党史、科学社会主义与国际共产主义运动两个二级学科博士学位授予权。2006年，获得全国首批马克思主义理论一级学科博士、硕士学位授予权。至此，学院拥有了马克思主义理论学科从学士、硕士到博士人才培养的完整体系。2012年，马克思主义理论一级学科被评为天津市重点学科。 

学院现有专职教师56名，教授23名、副教授22名、讲师11名。在思政课05方案中，学院多名教授领衔主编了《马克思主义基本原理概论》教材，作为主要成员参与了《中国近现代史纲要》和《思想道德修养与法律基础》教材的编写。其中，2009、2010年，“马克思主义基本原理概论”和“中国近现代史纲要”相继获批国家精品课程，2013年，这两门课程又相继获得“国家级精品资源共享课”称号。2010年，博士生课程“中国马克思主义与当代”、“马克思主义经典著作选读”被教育部列为研究生思想政治理论课程设置调整改革试点单位。 

学院现有马克思主义基本原理教研室等6个教学机构，承担全校本科生、硕士生、博士生不同层次的思想政治理论课及思想政治教育专业本科生的教学任务。有马克思主义中国化研究部等6个研究机构，有天津市哲学社会科学重点研究基地——马克思主义研究中心，还有马克思主义理论学科博士后流动站、教育部高校辅导员培训和研修基地等，分别承担8个二级学科建设与研究生、博士后及辅导员的培养工作。 

05方案实施以来，学院承担各类科研项目200余项，其中，国家社科基金重大委托项目1项、教育部重大课题攻关项目2项、国家社科基金重点及一般项目15项，教育部和天津市社科规划项目50余项，省市级其他科研课题120余项。 

2015年9月，学院整体搬迁至南开大学津南新校区，拥有4000余平方米、独立的学院大楼。目前，学院入选中宣部确立的首批“全国重点马克思主义学院”，南开马克思主义学科建设和发展迈上了新的平台。